Co-Immunoprecipitation (Co-IP) adalah metode klasik untuk mempelajari interaksi protein berdasarkan interaksi spesifik antara antibodi dan antigen, seperti halnya eksperimen IP. Prinsipnya adalah ketika sel-sel dilisiskan dalam kondisi non-denaturasi, protein yang ada dalam tubuh menggunakan afinitas antara antibodi dan antigen untuk mempertahankan protein yang berinteraksi. Karena Co-IP dilakukan dalam kondisi eksperimen non-denaturasi, interaksi alami antara protein dipertahankan semaksimal mungkin, sehingga interaksi antara protein reaksi nyata dapat dibandingkan, tetapi tidak dapat ditentukan apakah interaksi ini langsung atau tidak langsung.
Percobaan pengikatan protein secara in vitro, yang juga dikenal sebagai percobaan pull-down, merupakan teknik uji in vitro yang efektif untuk memvalidasi sistem dua-hibrida ragi. Dalam percobaan pull-down, metode pull-down protein fusi glutathione sulfhydryl transferase (GST) sering digunakan untuk mengidentifikasi protein yang tidak diketahui yang dapat berinteraksi dengan protein fusi yang diketahui, dan untuk mengidentifikasi apakah ada interaksi antara dua protein yang diketahui. Akan tetapi, hasil pull-down tidak dapat benar-benar mencerminkan interaksi antara dua protein, karena mereka mungkin tidak selalu bertemu satu sama lain di ruang subseluler secara in vivo, jadi itu tidak berarti bahwa mereka harus mengikat dalam kondisi fisiologis.
Prinsip pull-down dan Co-IP serupa, keduanya menggunakan ligan afinitas untuk menangkap protein yang berinteraksi. Perbedaannya adalah bahwa pull-down menggunakan protein yang dimurnikan dan diberi tag sebagai umpan untuk mengikat protein yang berinteraksi, yang umumnya digunakan untuk membuktikan interaksi langsung antara protein; sementara Co-IP menggunakan antibodi tetap untuk menangkap protein yang berinteraksi, yang digunakan untuk membuktikan interaksi antara dua protein, tetapi tidak mengesampingkan interaksi tidak langsung yang dimediasi oleh protein ketiga.